L’eau est un élément indispensable de la vie de chaque individu. L’eau recouvre 71 % de la surface de la Terre et constitue 65 % de notre corps. Nous voulons tous de l’eau propre pour boire, pour nous divertir et simplement pour le plaisir des yeux. Si l’eau est polluée, elle perd sa valeur économique et esthétique et peut devenir une menace pour notre santé et pour la survie des êtres aquatiques qui y vivent et de la faune qui en dépend.
La pollution de l’eau est principalement due aux activités humaines. En Afrique, l’eau est utilisée quotidiennement dans les foyers et les industries, environ 700 m3 par personne et par an, principalement à partir des rivières et des forages. Ce chiffre est bien inférieur au seuil international de pauvreté en eau de 1 000 m3 par an et par personne. La demande industrielle en eau devrait atteindre 5,5 milliards de m3 par an d’ici 2017. Une fois utilisée et contaminée, la majeure partie retourne dans les rivières voisines. L’eau utilisée par une communauté est appelée eaux usées. Si elle n’est pas traitée avant d’être rejetée dans les cours d’eau, elle peut entraîner une grave pollution et la persistance du paludisme et des maladies associées. La pollution de l’eau se produit également lorsque les eaux de pluie ruissellent des zones urbaines et industrielles, des terres agricoles et des exploitations minières et retournent dans les eaux réceptrices et dans le sol.
Les gens pensent souvent que les eaux usées ne servent à rien parce qu’ils ne sont pas au courant des traitements des eaux usées. Pourtant, ces dernières peuvent constituer une source précieuse d’informations. Les eaux usées sont de plus en plus reconnues comme un important réservoir environnemental de résistance aux antimicrobiens, une menace croissante pour la santé publique mondiale.
Les antimicrobiens sont des médicaments, notamment des antibiotiques et des antiviraux, utilisés pour traiter les infections chez les humains, les animaux et les plantes.
La résistance aux antimicrobiens devrait tuer plus de 10 millions de personnes par an d’ici 2050 si rien n’est fait pour l’arrêter. En Afrique subsaharienne, 23,5 décès sur 100 000 sont attribués à des maladies telles que les infections des voies respiratoires inférieures, de la poitrine, du sang et intra-abdominales causées par des organismes résistants aux antimicrobiens.
En Afrique, la prévalence de la résistance aux antimicrobiens dans les eaux usées est particulièrement préoccupante en raison de l’insuffisance des installations d’assainissement et de traitement des eaux usées, associée à la surutilisation et à l’usage abusif des antibiotiques dans les soins de santé et l’agriculture. Les pays africains, en particulier dans la région subsaharienne, ont la charge de morbidité la plus élevée au monde, les maladies infectieuses.
Ces organismes sont tout autour de nous. Par exemple, des recherches effectuées sur des porcs en Afrique du Sud ont révélé la présence de bactéries résistantes à toutes les étapes de l’échantillonnage, depuis la ferme jusqu’à la viande finale emballée. Une autre étude sud-africaine a révélé que le fumier d’un élevage de volailles transférait dans le sol des bactéries résistantes aux antibiotiques. De fortes pluies pourraient entraîner ces bactéries dans les rivières voisines. En conséquence, les personnes qui utilisent l’eau de ces rivières pour la boisson et à des fins domestiques pourraient tomber malades.
Les stations d’épuration des eaux usées
Les stations d’épuration des eaux usées reçoivent des eaux usées provenant de diverses sources : hôpitaux, ménages, industries et exploitations agricoles. Ces stations sont donc des indicateurs utiles pour déterminer la charge de la résistance aux antimicrobiens dans les communautés. En surveillant les eaux usées, les scientifiques peuvent déterminer les types de bactéries résistantes qui circulent dans une population donnée. Cette approche est en passe de devenir la référence mondiale pour le suivi de la résistance aux antimicrobiens.
Mais il ne semble pas encore avoir été adopté dans de nombreux pays africains. Nos recherches récentes ont porté sur des études réalisées sur les eaux usées dans les pays africains entre 2012 et 2022. Nous voulions identifier les défis liés à l’utilisation de la surveillance des eaux usées pour déterminer la prévalence de la résistance aux antimicrobiens.
Nous avons constaté que l’utilisation des eaux usées pour étudier la résistance aux antimicrobiens était en augmentation sur le continent. Mais pas dans tous les pays. Dans la plupart des études, nous avons constaté que les échantillons n’étaient collectés qu’une seule fois. Cela ne suffit pas pour tirer des conclusions solides. De plus, de nombreuses études ont utilisé une seule méthode pour identifier la résistance dans les eaux usées. Selon la méthode, cela surestimait ou sous-estimait le taux de résistance. Compte tenu de ces lacunes, les études réalisées sur le continent pourraient présenter une fausse image du problème de la résistance aux antimicrobiens, ce qui pourrait avoir de graves conséquences sur la santé.
Étude de cas sur le traitement des eaux usées
Nous avons examiné des études sur la surveillance de la résistance aux antimicrobiens basée sur les eaux usées en Afrique subsaharienne. Notre étude a montré que la plupart des pays ne disposaient pas des compétences nécessaires pour mener cette recherche. Le manque de compétences a affecté les méthodes utilisées par les études, d’où les résultats présentés.
La plupart des recherches ont été menées en Afrique du Sud. Cela s’explique en grande partie par le fait que la plupart des pays d’Afrique subsaharienne ne disposent tout simplement pas de suffisamment de stations d’épuration des eaux usées. Nombre d’entre eux traitent moins de 5 % des eaux usées qu’ils produisent. Seuls quelques pays, parmi lesquels l’Afrique du Sud et le Botswana voisin, traitent 25 à 50 % de leurs eaux usées. Il y a donc encore beaucoup à apprendre de ces pays.
En Afrique du Sud, des études sur la résistance aux antimicrobiens dans le traitement des eaux usées n’ont été réalisées que dans quelques provinces. De plus, toutes les études n’ont pas été réalisées sur les stations d’épuration des eaux usées. Cela signifie que la source de la résistance n’a pas pu être retracée. De plus, des différences ont été constatées dans les méthodes utilisées et dans les résultats rapportés.
Nous avons trouvé la surveillance difficile même là où des usines de traitement des eaux usées étaient disponibles en raison du manque de compétences techniques nécessaires au séquençage génomique. Les approches génomiques étudient l’ADN de tous les micro-organismes présents dans les eaux usées, au lieu de se concentrer sur quelques-uns seulement. De plus, il n’existe pas d’approches standardisées pour ces études. Il était donc difficile de comparer les résultats provenant de différents endroits.
Recommandations
L’absence de stations d’épuration dans de nombreux pays africains signifie qu’il leur sera difficile de mettre en œuvre activement une surveillance de la résistance aux antimicrobiens basée sur les eaux usées. Les gouvernements doivent investir dans le raccordement de leurs populations aux réseaux d’égouts pour résoudre ce problème. Ceci est crucial pour l’hygiène et la santé globales. Et cela offrira d’importantes sources d’informations aux chercheurs qui tentent de détecter des micro-organismes résistants dans les communautés.
Une fois les réseaux d’égouts en place, des protocoles standardisés pour évaluer la résistance aux antimicrobiens dans les stations d’épuration des eaux usées doivent être établis. Les protocoles doivent tenir compte du régime et de la fréquence d’échantillonnage, des organismes ciblés, des antibiotiques à tester et des méthodes à utiliser.
Il est également nécessaire de renforcer les capacités en matière de technologies de séquençage et de bioinformatique. Cela permettra de disposer de suffisamment de personnes possédant les connaissances nécessaires pour analyser les volumes importants de données générés par ces études. Les organismes de financement doivent financer les chercheurs des pays d’Afrique subsaharienne, car les technologies de séquençage ne sont pas encore répandues et le coût d’utilisation de ces installations reste élevé.
Les gens peuvent considérer le traitement des eaux usées comme quelque chose d’indésirable qui doit simplement être éliminé. Mais l’étude de cette ressource précieuse pourrait fournir une alerte précoce sur d’éventuelles épidémies de maladies, en particulier celles impliquant des micro-organismes résistants aux antimicrobiens.
Source : Wastewater treatment: Africa’s scientists have this to say – thesouthafrican.com